Trung tâm Khảo thí và đảm bảo chất lượng được thành lập theo quyết định số 377 /QĐ-NN1 Ngày 12 tháng 02 năm 2007 của Hiệu trưởng Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội với chức năng tham mưu cho Hiệu trưởng và chịu trách nhiệm tổ chức triển khai và quản lý công tác khảo thí và đảm bảo chất lượng đại học, sau đại học, dịch vụ liên quan đến công tác khảo thí và đảm bảo chất lượng.

Theo quyết định số 1424/QĐ-NNH ra ngày 06 tháng 10 năm 2009 đổi tên Trung tâm khảo thí và đảm bảo chất lượng thành phòng Khảo thí và đảm bảo chất lượng chịu sự quản lý hành chính 2 cấp: Trường – Phòng ban.

Theo định hướng phát triển triển của nhà trường, Hiệu trưởng ban hành quyết định số 248/QĐ-NNH ngày 14 tháng 02 năm 2012 thành lập phòng Thanh tra, Khảo thí và Đảm bảo chất lượng trên cơ sở sáp nhập Ban Thanh  tra giáo dục và Phòng Khảo thí và Đảm bảo chất lượng. Phòng Thanh tra, Khảo thí và Đảm bảo chất lượng chịu sự quản lý hành chính 2 cấp: Trường – Phòng ban.